Suite à une plainte déposée en octobre 2009 par Euro Cargo Rail, l’Autorité de la concurrence a infligé le 18 décembre une amende de 60,9 millions d’euros à Fret SNCF pour plusieurs pratiques anticoncurrentielles. Le gendarme de la concurrence lui reproche d’avoir utilisé à des fins commerciales des informations confidentielles sur ses concurrents dont elle disposait en tant que gestionnaire déléguée des infrastructures. Il estime également que Fret SNCF a empêché ses concurrents d’accéder à des capacités ferroviaires indispensables, par exemple en surréservant des sillons. 
L’Autorité de la concurrence nuance toutefois ses reproches, en estimant que ces pratiques ne relèvent pas d’une stratégie globale du groupe. Condamnant par ailleurs la politique de prix anormalement bas pratiqués par la SNCF, « rendant impossible toute concurrence de la part des nouveaux entrants », elle a prononcé une injonction lui demandant la mise en place, dans un délai de 18 mois, d’une comptabilité analytique permettant d’identifier ses coûts, puis d’ici à trois ans l’application effective de principes tarifaires clairs.